Номер CAS для нейропептида Y (свинья) составляет 83589-17-7; он имеет молекулярную формулу C190H287N55O57 и молекулярную массу примерно 4253,70. Нейропептид Y (человек/крыса) имеет номер CAS 90880-35-6, молекулярную формулу C189H285N55O57S и молекулярную массу примерно 4271,68; хранение обычно требует охлаждения при температуре -20 градусов. NPY обладает уникальной конформацией, напоминающей шпильку, известную как складка «панкреатического полипептида».
Нейропептид Y широко распространен в центральной нервной системе; его концентрация самая высокая в гиппокампе, за которым следуют кора головного мозга, гипоталамус, таламус, ствол мозга и мозжечок. Дугообразное ядро гипоталамуса является основным местом синтеза NPY. Специфические популяции нейронов, экспрессирующих NPY-, обнаружены в дорсальном ядре шва и вентролатеральном периакведуктальном сером слое ствола мозга. В периферической нервной системе NPY преимущественно локализуется вместе с норадреналином в симпатических нервах и высвобождается из окончаний симпатических нервов. Сердечно-сосудистая система содержит большое количество нервных волокон NPY, причем NPY широко распространен вокруг сердца и кровеносных сосудов.